爭議不斷的大巨蛋開發案，傳出因安全未達標，北市府有意拆除影城、購物中心與棒球場，僅留辦公大樓和旅館公開招標。總統馬英九接受媒體專訪時隔空喊話，台北市民期待大巨蛋已快20年了，若能改善缺失，讓大巨蛋變得更安全，還是應該留下來，不要輕易拆除。

《中國時報》報導，馬英九針對大巨蛋案做出說明，對於大巨蛋案被柯文哲形容為「不平等條約」，馬解釋，大巨蛋於2003年變更協力廠商，因為當時的籌備委員會決定廢標，但當廠商提出申訴後，公共工程委員隨即認為，台北市政府的廢標決議不當，因此要求市府要重新和廠商簽約，「中央對我們是有指導作用，我們就遵守了！」馬英九表示，當時北市府在過程中，已經盡了應有的職責。

至於是否贊成柯文哲「拆蛋」？馬英九強調，監察院曾經糾正過大巨蛋案的缺失，如果這些缺失都能夠改善，他認為還是應該讓大巨蛋留下來繼續運作。馬認為這不僅是市民非常期待的一個室內大球場，同時也對於2017年世大運開幕有很大作用，「台北市民期待大巨蛋已經快20年了，不要輕易地把這個目標改變，但安全還是第一，如果做得到的話，還是把它變得更安全，然後再留下來。」

馬英九也表示，如果屆時柯文哲邀他參加世大運開幕式，他願意出席。