台東馬偕醫院因內部設計規畫以病人為中心，同時兼顧無障礙環境，參加內政部建築研究所「2015年友善建築評選」，獲得友善醫療設施獎，成為縣內第一家通過評選的醫療機構，東馬表示，新大樓規劃設計時已一併考量在內。

台東馬偕醫院表示，縣內醫院多數為多年建築，因應台東高齡化社會，各醫院都從原有建築空間進行適度修改，符合病患需求，東馬新醫療大樓於2014年5月1日啟用，在設計之初即整體考量規劃，包括室內外通道、樓梯、電梯、停車哭間、無障礙廁所或浴室等，各種門廊寬度都可供輪椅通過，還設有電動代步車專用車道，及免費充電站等，就連兒童安全也選擇較高床欄的病床，病房浴室設有兒童安全座椅等。

內政部建築研究所從2010年起辦理友善建築評選活動，表揚民間自發性追求無障礙環境，從2013年新增友善醫療設施獎，台東馬偕醫院於2015年報名參加，經過書面審核外，外部專業委員也實地勘查各參加單位相關設施有無正常運作、專人管理或定期檢查與維護。

台東馬偕醫院表示，醫院會持續提供到院病人最安全、便利與舒適的就醫空間。