南市共計有三十處古蹟、歷史建築、聚落在2月6日強震中受損，復原經費保守估計超過一億元。文化部長洪孟啟2月21日再度南下勘災，視察國定古蹟祀典武廟及市定古蹟風神廟的災後緊急處理與加強結構支撐情形，確定受損古蹟沒有安全疑慮，也再度允諾文化部在經費上會盡力協助，請市府儘快修復。市府文資處長林喬彬表示，市府會先動用災害準備金，加快搶修速度。

根據文化局調查，2月6日強震造成南市古蹟、歷史建築、聚落損害中，以祀典武廟、台南水道、風神廟、鹽水八角樓、善化慶安宮、楠西鹿陶洋江家聚落等處最嚴重。

文化部長洪孟啟2月21日二度到祀典武廟，了解地震後續處理狀況，再到風神廟關心鐘樓重建與鼓樓支撐情形，重申文化部會在經費上給予支持。

林喬彬表示，重要文資修復需要等待審查，為了爭取修復的時效，市府在爭取文化部補助的同時，也會同步動用災害準備金，針對災損較輕微、且可立即著手展開復原工作者進行修復，初步評估所需經費約兩千萬元。

至於災損狀況嚴重者，將組成專案小組，與設計建築師共同討論修復設計方式，爭取較短的審查時間。國定古蹟部分，文化部也允諾將全力機動配合，以縮短中央行政審查時間。