為改善台南科學園區特定區發展所帶來的交通壅塞問題，市府極力向中央爭取經費開闢周邊聯絡道路，其中「新化區高鐵沙崙站橋下道路工程」總經費約8億元，第2期後續工程已完工，2017年7月15日舉行通車典禮，可望疏解台39線由永康至新市之車流。市長賴清德說明，大台南有多個都會區，包括府城都會區、永康都會區、南科都會區及溪北的新營都會區，台南都會地區環狀路網建設經費總計約256億元。其中，台南科學園區相關產業成長迅速，產值高達8千多億，也為大台南地區造就不少就業與發展的機會，南科、新市科學園區上班族人口數約7萬人，加上樹谷園區約1萬人，上班族總人口數約8萬人。在相關產業快速成長之際，也帶來大量車潮，導致南科特定區產生嚴重的交通運輸問題。
為解決南科交通問題，市府積極爭取中央經費興辦多項交通工程，於2013年起已陸續完成「台南都會區北外環道路第1期工期」、「國道8號南科聯絡道延伸省道台1線道路工程」、「新化區高鐵沙崙站橋下道路工程」、「南科西向聯絡道路新闢工程」等重要聯絡道路並通車，今「新化區高鐵沙崙站橋下道路第2期後續工程」亦已完工通車。賴清德感謝工務局蘇金安局長、工務局團隊積極向中央爭取經費，以及議會、立委們的支持；也感謝區長及里長在施工期間幫忙協調解決困難，有大家的幫忙才能順利完成各項道路建設。賴清德表示，除了聯絡道路以外，另還有45公里的山海圳綠道，從四草出海口，一直到烏山頭水庫，中間經過科學園區，鼓勵科學園區內廠商安排自行車相關設備，以及鼓勵園區內員工可以騎自行車上下班，南科管理局長也表示支持。昨日波羅的海三國國會議員訪問團蒞臨台南，並參訪台南科學園區，對於南科廣大腹地及園區內各項產業帶來的經濟發展，表示欽佩。
賴清德進一步指出，這些重大建設都需要市府自籌配合款，除了公債法修正通過台南可以爭取到的500多億的舉債空間以外；過去6、7年共進行15項土地通盤檢討，包括區段徵收、重劃，盈餘預估增加200億，目前已償還100多億，所以大家不用擔心市府沒有配合款。也拜託立委們幫忙市府爭取經費，特別是前瞻基礎建設，未來還需要大家幫忙與合作，讓預算能順利通過，推動地方建設，相信未來台南一定會更蓬勃發展。北外環道路第三期工程(總工程經費約46億元)，可望於2017年完成發包並動工；北外環道路第二期工程(總工程經費約42.8億元)，目前刻正辦理細部設計中；北外環道路第四期工程(總工程經費約78.6億元)也著手辦理規劃及環評。為了完整建構區域路網，串連本市新市區、新化區、永康區及歸仁區，提昇大台南整體都會區的經濟、旅行、物流、運輸環境、休閒觀光發展，並促進地方繁榮及提供更便利的交通服務。
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